Спустя два года после уничтожения штаб-квартиры DOATEC Елена Дуглас возрождает корпорацию с мирными целями. Она закрывает военные проекты и объявляет пятый турнир Dead or Alive, чтобы продемонстрировать миру новый курс компании. Однако бывший руководитель теневых разработок Виктор Донован создает собственную организацию M.I.S.T. и продолжает эксперименты по клонированию.
После третьего турнира корпорация DOATEC оказывается под контролем Виктора Донована, который планирует завершить проект по созданию совершенного биологического оружия — клона Alpha-152. Чтобы отвлечь внимание общественности, он организует четвертый турнир Dead or Alive.
Вторая рождественская ночь Брюс Уэйна в качестве Бэтмена выдалась не из легких. Криминальный босс Черная Маска врывается в тюрьму Блэкгейт, убивает комиссара полиции и объявляет награду в пятьдесят миллионов долларов за голову «Летучей мыши». В город прибывают восемь элитных наемных убийц. Ситуация усугубляется тем, что коррумпированный полицейский спецназ также открывает охоту на Бэтмена ради денег.
Готэм пытается решить проблему переполненных тюрем радикально: в центре города огораживают трущобы и превращают их в гигантскую зону для преступников. «Аркхем-Сити» управляется психиатром Хьюго Стрэнджем, который получает от властей полный карт-бланш. Брюс Уэйн публично критикует проект как антигуманный — и немедленно оказывается арестован наемниками Стрэнджа. Его в наручниках доставляют внутрь периметра и бросают на произвол банд, поделивших территорию.
Бэтмен сопровождает Джокера в психиатрическую лечебницу Аркхем после очередного задержания. Преступник ведет себя необычно спокойно, что настораживает героя, но охрана лечебницы игнорирует предупреждения. Во время конвоирования Джокер освобождается — арест изначально был частью его плана. Он захватывает управление островом, выпускает сотни пациентов и блокирует выходы.
После провала вторжения на Землю Шао Кан пытается скрыться через портал, но бог грома Рейден поражает его разрядом молнии. Одновременно в параллельной вселенной Супермен атакует Дарксайда, отступающего через пространственную «бум-трубу». Две атаки происходят синхронно, вызывая межпространственную аномалию. Злодеи не погибают: их сущности сливаются в единого монстра — Дарк Кана. Из-за этого инцидента вселенные Mortal Kombat и DC начинают сливаться воедино. Границы миров стираются: Готэм пересекается с Внешним Миром, а на Землю проникает магическая энергия — «Ярость».
В финале битвы при Армагеддоне Земное Царство терпит поражение. Император Внешнего Мира Шао Кан готовится нанести смертельный удар богу грома Рейдену. В последнее мгновение Рейден с помощью разбитого амулета отправляет ментальное послание самому себе в прошлое — фразу «Он должен победить».