Начало 1920-х годов. Молодой эмигрант из Сицилии прибывает в Атлантик-Сити — прибрежный курортный город, где введение «сухого закона» сделало подпольную торговлю алкоголем самым прибыльным бизнесом в стране. Главный герой начинает с нуля: у него нет ни денег, ни влияния, но есть амбиции и поддержка брата, который помогает ему сделать первые шаги.
События игры разворачиваются параллельно сюжету кинотрилогии и освещают северный театр Войны Кольца. Пока основные силы Саурона сосредоточены на Рохане и Гондоре, по приказу Темного Владыки орды гоблинов из Мглистых гор атакуют эльфийские и гномьи земли. Удар направлен на Ривенделл, Лориэн, Эребор и Дейл. Поскольку Братство Кольца и армии людей сражаются на юге, северным народам приходится защищаться самостоятельно.
К 2020 году мир кардинально изменился. После ядерного конфликта на Ближнем Востоке разразился глобальный энергетический кризис. Россия, став главным поставщиком нефти, вернула статус сверхдержавы. Одновременно США и Европейская федерация развернули глобальную систему ПРО, сделав ядерное оружие бесполезным. Хрупкий мир рушится, когда США готовятся вывести на орбиту военную космическую станцию «Звезда свободы», способную нарушить баланс сил. На стартовую площадку во Флориде нападает террористическая группировка «Забытая армия». Вскоре следуют атаки на объекты в Европе.
Действие игры разворачивается на европейском театре Второй мировой войны. Союзные войска наступают, но немецкое сопротивление раз за разом возникает именно там, где его не должно было быть. Секретные операции заканчиваются засадами и катастрофическими потерями. Американский офицер Джозеф Шеридан приходит к выводу: утечка идет изнутри союзного командования.
Конец XIX века. Испанская корона назначает нового губернатора на карибский остров Тропико — небольшую заморскую территорию с сахарными плантациями и населением, чье благополучие метрополию интересует постольку-поскольку. Мандат губернатора прост: выполнять инструкции Его Величества, обеспечивать поставки ресурсов и не давать местным фракциям выйти из-под контроля.
Тропико — небольшой карибский остров под управлением Эль Президенте, диктатора с бессрочным мандатом. Государство существует в силовом поле двух сверхдержав. США и СССР поочередно добиваются от республики лояльности, а Президент успешно лавирует между ними при поддержке своего старого наставника — Генералиссимуса Сантаны.
Небольшой карибский остров Тропико существует по собственным законам: сахарные плантации, нищие крестьяне, военный оркестр и портрет Эль Президенте на каждом углу. Когда прежний режим рухнул, остров остался без управления. До тех пор, пока законный правитель, он же изгнанник, он же герой национального эпоса по версии государственного радио, не вернулся, чтобы вновь занять президентский дворец.
Далекое будущее. Человечество освоило квантовые врата и колонизировало множество миров. После краха Земной Империи связь между планетами оборвалась, и колонии тысячелетие развивались изолированно. За это время сформировались три идеологически несовместимые фракции: Объединенная Земная Федерация (ОЗФ), стремящаяся силой восстановить единое государство; Нация Кибран — люди-симбионты, восставшие против нейронного программирования и рабства; и Иллюминаты Эон — последователи философии инопланетной расы Серафимов.
2047 год. Инопланетный минерал тиберий, появившийся на Земле полвека назад, стремительно распространяется, превращая планету в токсичную пустошь. Глобальный Совет Безопасности (ГСБ) контролирует «синие зоны» — последние экологически чистые территории. Им противостоит Братство Нод во главе с Кейном. Эта военизированная организация опирается на население неблагополучных «желтых зон» и скрывает свои базы на отравленных землях. Многолетнее затишье прерывается, когда Братство уничтожает орбитальную станцию «Филадельфия», обезглавив командование ГСБ.
Советский Союз на грани поражения: войска Альянса штурмуют Москву. Полковник Чердненко, генерал Крюков и физик Зелинский принимают отчаянное решение. С помощью экспериментальной машины времени они отправляются в 1927 год, где Чердненко убивает Альберта Эйнштейна, чтобы лишить Запад технологического превосходства.