После событий первого сезона Клементина путешествует с Омидом и беременной Кристой. Во время привала на заброшенной заправке Омид гибнет от пули мародерши. Спустя шестнадцать месяцев Криста и Клементина продолжают путь на север, но в лесу на них нападают бандиты. В суматохе девочка теряет спутницу из виду, падает в бурную реку и остается совершенно одна.
Ли Эверетта, осужденного за убийство, везут в тюрьму. На загородном шоссе полицейская машина сбивает стоящего на дороге человека и вылетает в кювет. Придя в себя, Ли обнаруживает, что конвоир мертв, но вскоре тот оживает и бросается на него.
Спасшись, Ли добирается до ближайшего пригорода Атланты, где находит восьмилетнюю Клементину. Девочка прячется в домике на дереве, пока ее родители находятся в отъезде в Саванне. Ли решает взять Клементину под защиту и скрывает от нее свое криминальное прошлое.
Салем, наши дни. Детектив Ронан О'Коннор расследует дело серийного убийцы, которого пресса окрестила Звонарем. Во время схватки в многоквартирном доме преступник выбрасывает Ронана из окна. Упав на мостовую, детектив обнаруживает, что стал бесплотным духом, а затем видит, как убийца спускается и делает несколько контрольных выстрелов в его тело.
Путешествие Кейт Уокер и эксцентричного изобретателя Ганса Форальберга продолжается. Оставив позади карьеру юриста, Кейт сопровождает Ганса на заводном поезде в поисках мифического острова Сибирия. Их первая остановка — заснеженный город Романсбург. Здесь Ганс тяжело заболевает, и Кейт приходится искать помощи в местном горном монастыре, строгие правила которого запрещают отпускать пациентов.
2002 год. Юрист из Нью-Йорка Кейт Уокер прибывает в тихий альпийский городок Валадилен. Ее задача — оформить покупку старинной фабрики автоматонов для американской корпорации. Однако владелица предприятия, Анна Форальберг, умирает накануне визита. Местный нотариус сообщает, что у Анны остался наследник — младший брат Ганс, которого семья считала погибшим более полувека назад. Без его подписи сделка недействительна. Изучив архивы, Кейт выясняет, что Ганс жив и отправился на восток в поисках мифического острова Сибирия, где, по его убеждению, до сих пор обитают мамонты.
После смерти отца Лара Крофт обнаруживает его исследования о Божественном Источнике — артефакте, способном даровать бессмертие. В свое время лорд Крофт пытался доказать его существование, но был осмеян научным сообществом и доведен до самоубийства. Лара обнаруживает зацепки, указывающие, что Источник находится в Сибири, где спрятан мифический город Китеж, основанный беглым византийским Пророком и его последователями.
Молодая археолог Лара Крофт отправляется в экспедицию на поиски мифического японского государства Яматай. Исследовательское судно «Эндьюранс» заходит в Треугольник Дракона, расположенный на севере Филиппинского моря, где попадает в аномальный шторм и терпит крушение.
Выбравшись на берег неизвестного острова, Лара получает удар по голове и позже приходит в себя подвешенной в пещере. Ей удается сбежать и выяснить, что команда корабля рассеяна, а сам остров (который и оказывается Яматаем) контролирует «Братство Солнца» — агрессивный культ из таких же потерпевших кораблекрушение, возглавляемый фанатиком Матиасом.
Челл приходит в себя в камере, имитирующей гостиничный номер. Судя по облупившейся краске и въевшейся пыли, она провела в гибернации не один год. Модуль личности (или, проще говоря, робот) по имени Уитли — суетливый и явно не предназначенный для ответственных задач — будит её и предлагает план побега из деградирующего комплекса Aperture Science: коридоры заросли, оборудование искрит, целые секции обрушились.
Девушка по имени Челл приходит в себя в стеклянной камере исследовательского центра Aperture Science. Никаких объяснений, никакого контекста — только голос системы GLaDOS, который предлагает пройти серию испытаний. Инструмент — портальная пушка: устройство, создающее два связанных отверстия в пространстве. Войти в одно — выйти из другого.