Кокон — искусственный мир, парящий над планетой Гран-Пульс. Его обитатели живут под опекой фал'Си — богоподобных машин, управляющих всеми системами. Сама же планета Гран-Пульс считается источником угрозы.
Когда в прибрежном городе Бодум обнаруживают спящего фал'Си с Пульса, правительство объявляет «Чистку» — принудительную депортацию всех местных жителей. Среди них оказывается Сера, младшая сестра бывшей военнослужащей Лайтнинг.
Майкл Торнтон, агент-новичок секретного разведывательного ведомства «Альфа Протокол», получает первое задание. Ему поручено найти лидера террористической группировки «Аль-Самад», сбившей пассажирский лайнер над Ближним Востоком с помощью новейших американских ракет.
Далекое будущее, Земля скована тысячелетним ледниковым периодом. Остатки человечества выживают в Мидгарде под защитой кибернетически усиленных воинов — Асов, которых люди почитают как скандинавских богов. Асы ведут войну против разумных машин.
Геральт из Ривии неохотно исполняет роль телохранителя короля Темерии Фольтеста. Монарх штурмует замок Ла Валетт, чтобы забрать своих незаконнорожденных детей у мятежной баронессы. После успешного взятия крепости Фольтест в сопровождении Геральта находит детей в монастыре. Однако слепой монах, присматривавший за ними, оказывается переодетым убийцей. Он перерезает королю горло и сбегает, выпрыгнув в окно. Ворвавшаяся стража застает Геральта одного рядом с телом монарха.
Ферелден стоит на пороге Пятого Мора — нашествия порождений тьмы, ведомых архидемоном (оскверненным древним богом в облике дракона). Серые Стражи — единственный орден воинов, способный окончательно убить архидемона, — собирают силы для отпора.
Капитан Шепард отстранен от службы и находится на Земле под арестом. Его судят за уничтожение ретранслятора в батарианской системе — вынужденную меру, которая унесла жизни сотен тысяч батарианцев, но отсрочила прибытие Жнецов. В этот момент древние машины вторгаются в Солнечную систему и начинают массированную атаку на Землю. Оборона Альянса быстро рушится.
Во время патрулирования корабль «Нормандия» подвергается нападению неизвестного судна. Фрегат уничтожен, а капитан Шепард погибает в открытом космосе, успев поместить пилота Джокера в последнюю спасательную капсулу. Спустя два года тело Шепарда восстанавливают в рамках секретного проекта «Лазарь». Его финансирует «Цербер» — радикальная прочеловеческая организация.
2183 год. Капитан Шепард отправляется в человеческую колонию Иден Прайм за артефактом протеан — маяком вымершей цивилизации. На планете его отряд сталкивается с гетами — синтетической расой, не покидавшей свое пространство почти триста лет. Выясняется, что нападением руководит Сарен Артериус — Спектр и элитный агент Совета Цитадели. Он убивает другого Спектра, Найлуса, и скрывается. Шепард активирует маяк и получает видение: цикличное уничтожение разумной жизни машинами, известными как Жнецы.
Провинция Скайрим, 201 год Четвертой эры. Имперский легион берет в плен предводителя восстания Ульфрика Буревестника и его соратников. Вместе с ними случайно задерживают безымянного путника, незаконно пересекшего границу. Всех везут на казнь в приграничную крепость Хельген.
Во время экзекуции на поселение нападает Алдуин — черный дракон из древних легенд. Он сжигает крепость, прерывая казнь. В панике легионеры и мятежники разбегаются. Протагонист бежит с одной из сторон, выбираясь из горящих руин через подземные тунели.
В тюрьме Имперского города безымянный заключенный становится свидетелем побега императора Уриэля Септима VII. Телохранители из ордена Клинков ведут правителя через камеру узника по тайному ходу — династии угрожают ассасины культа Мифического Рассвета. Император узнает в герое человека из своих пророческих снов и позволяет ему следовать за отрядом.
В подземельях на группу нападают культисты, и Уриэль Септим получает смертельное ранение. Перед смертью он передает узнику Амулет Королей — древний артефакт, необходимый для поддержания Драконьих Огней, которые служат барьером между миром смертных и планом Обливиона. Последняя просьба императора — найти его незаконнорожденного сына Мартина и передать амулет ему.