1946 год. Штурм крепости генерала Вильгельма Штрассе по прозвищу Череп проваливается — нацисты получают технологическое превосходство, которое невозможно переломить. Капитан Уильям Бласковиц получает тяжелую травму головы и впадает в вегетативное состояние. Четырнадцать лет он проводит в польской психиатрической клинике, где медсестра Аня ухаживает за неподвижным телом.
В 1960-м нацисты приходят ликвидировать клинику. Необходимость выжить возвращает Бласковица в сознание.
1943 год. Агент Бласковиц перехватывает передачу о секретных раскопках нацистов в Изенштадте — немецком городе, закрытом от внешнего мира. Прибыв на место, он обнаруживает, что СС ведет поиск древних артефактов, связанных с параллельным измерением под названием Тень. Генерал Череп, глава оккультного подразделения, уже получил доступ к энергии Тени и использует ее для создания сверхоружия и превращения солдат в чудовищ.
1912 год. Частный детектив Букер ДеВитт получает заказ: чтобы списать крупные долги, он должен найти и привезти в Нью-Йорк девушку по имени Элизабет. Для этого Букер отправляется в Колумбию — парящий в небесах город, построенный самопровозглашенным пророком Закари Комстоком. Колумбия задумывалась как символ американской исключительности, но превратилась в изолированную теократию, где процветают расизм и религиозный фанатизм.
1958 год. В подводном городе Восторг Объект Дельта — один из первых прототипов Большого Папочки — неразрывно связан с Маленькой Сестричкой Элеонор. Мать девочки, психиатр София Лэмб, с помощью гипноза заставляет Дельту выстрелить себе в голову.
Спустя десять лет, в 1968 году, Дельта воскресает в вита-камере. Восторг окончательно пал, превратившись в руины, населенные агрессивными мутантами. Физиологическая связь с Элеонор все еще активна: если Дельта не найдет ее, его организм погибнет.
1960 год. Пассажирский самолет терпит крушение над Атлантикой. Единственный выживший, мужчина по имени Джек, доплывает до странного одинокого маяка и на батисфере спускается на дно океана. Там он обнаруживает Восторг — тайный подводный город, построенный промышленником Эндрю Райаном как капиталистическая утопия, свободная от государственного контроля и религиозной цензуры.
Однако Джек прибывает в разрушенный мегаполис. Открытие вещества АДАМ, позволяющего переписывать генетический код, привело к появлению сверхспособностей, но вызвало массовую зависимость и мутации. Социальный порядок рухнул в ходе гражданской войны.
Февраль 1945 года. Вито Скалетта получает отпуск по ранению и возвращается с фронта в Эмпайр-Бэй. В армию он попал двумя годами ранее, выбрав службу вместо тюремного срока за неудачное ограбление магазина. Дома Вито узнает, что покойный отец оставил семью с долгом в две тысячи долларов перед ростовщиком. Мать просит сына жить честно и отправляет его в доки, но легальной зарплаты не хватит для погашения суммы в срок. Друг детства Джо Барбаро, избежавший тогда призыва, помогает Вито получить фальшивые документы для увольнения со службы и вводит его в криминальный мир.
Чикаго, 2012 год. Хакер Эйден Пирс вместе с напарником взламывает сеть фешенебельного отеля «Мерло», чтобы похитить данные банковских счетов постояльцев. Операция срывается: в системе присутствует кто-то еще, и хакеров вычисляют. Спустя два месяца неизвестные организуют покушение на Эйдена. Во время поездки киллер пробивает колесо его машины, провоцируя аварию. Пирс выживает, но его шестилетняя племянница Лена погибает.
Военный корабль «Столп Осени» выходит из гиперпространства у неизвестной планеты, спасаясь от преследования — человечество проигрывает войну с Ковенантом, альянсом инопланетных рас. На борту в криосне находится Мастер Чиф, суперсолдат программы «Спартанец II».
Вместо планеты перед экипажем оказывается гигантское кольцо искусственного происхождения — объект непонятного назначения, вращающийся вокруг газового гиганта. Ковенант атакует корабль. Капитан Киз приказывает эвакуироваться на поверхность кольца, а Мастеру Чифу — любой ценой не допустить захвата врагом искусственного интеллекта под названием «Кортана». Ведь в ее памяти находятся координаты Земли.
Четырнадцать лет назад из-под земли планеты Сера вырвалась саранча — разумная раса, о существовании которой человечество не подозревало. День Прорыва обернулся миллионами жертв. Война затянулась, ресурсы истощаются, люди отступают к последним укрепленным городам.