После событий Double Agent Сэм Фишер покидает «Третий эшелон» и уходит в бега. Спустя три года он прибывает на Мальту, чтобы проверить слухи о том, что гибель его дочери Сары не была несчастным случаем. В Валлетте с ним внезапно связывается бывшая коллега Анна Гримсдоттир. Она предупреждает, что на Фишера открыли охоту наемники, и подтверждает: смерть Сары была подстроена. След приводит Сэма к торговцу оружием Андрею Кобину.
Сэм Фишер, оперативник «Третьего эшелона» (подразделения АНБ), тяжело переживает гибель единственной дочери Сары в автокатастрофе. Чтобы вернуть агента в строй, руководство поручает ему сложнейшее задание — внедрение в американскую террористическую организацию «Армия Джона Брауна» (АДБ). Для создания криминальной легенды Фишер инсценирует серию преступлений и попадает в федеральную тюрьму Элсворт. Там он должен втереться в доверие к заключенному Джейми Вашингтону, члену АДБ, и организовать совместный побег.
Вторая рождественская ночь Брюс Уэйна в качестве Бэтмена выдалась не из легких. Криминальный босс Черная Маска врывается в тюрьму Блэкгейт, убивает комиссара полиции и объявляет награду в пятьдесят миллионов долларов за голову «Летучей мыши». В город прибывают восемь элитных наемных убийц. Ситуация усугубляется тем, что коррумпированный полицейский спецназ также открывает охоту на Бэтмена ради денег.
Готэм пытается решить проблему переполненных тюрем радикально: в центре города огораживают трущобы и превращают их в гигантскую зону для преступников. «Аркхем-Сити» управляется психиатром Хьюго Стрэнджем, который получает от властей полный карт-бланш. Брюс Уэйн публично критикует проект как антигуманный — и немедленно оказывается арестован наемниками Стрэнджа. Его в наручниках доставляют внутрь периметра и бросают на произвол банд, поделивших территорию.
Бэтмен сопровождает Джокера в психиатрическую лечебницу Аркхем после очередного задержания. Преступник ведет себя необычно спокойно, что настораживает героя, но охрана лечебницы игнорирует предупреждения. Во время конвоирования Джокер освобождается — арест изначально был частью его плана. Он захватывает управление островом, выпускает сотни пациентов и блокирует выходы.
Адам Дженсен возглавляет службу безопасности Sarif Industries — биотехнологической корпорации, производящей механические аугментации. Накануне поездки в Вашингтон, где директор Дэвид Сариф намерен представить генетический прорыв, делающий имплантаты безопасными, штаб-квартиру атакуют неизвестные. Накануне поездки в Вашингтон, где директор Дэвид Сариф намерен представить генетический прорыв, делающий имплантаты безопасными, штаб-квартиру атакуют неизвестные. Нападавшие убивают персонал, а Дженсен, пытаясь их остановить, получает критические ранения. Команду нейробиологов во главе с Меган Рид — бывшей возлюбленной Дженсена — похищают.
Гаррет, мастер-вор, и его бывшая ученица Эрин по наводке скупщика отправляются на совместное дело — проникновение в поместье барона Норткреста. На крыше они обнаруживают, что внутри проводят непонятный ритуал. Гаррет, почувствовав угрозу, пытается отменить операцию, но импульсивная Эрин отказывается уходить. В возникшей стычке она проваливается сквозь стеклянный потолок прямо в центр ритуала. Девушка зависает в воздухе, поглощая направленную энергию. Гаррет срывается вниз и теряет сознание, а осколок ритуального камня вонзается ему в глаз.
Корво Аттано возвращается в Дануолл с дипломатической миссии — он искал помощь против чумы, опустошающей город. Аттано служит телохранителем и доверенным лицом императрицы Джессамины Колдвин. В первые же минуты после их встречи на императрицу нападают наемные убийцы. Корво не успевает — Джессамину убивают на его глазах, а ее малолетнюю дочь Эмили похищают. Прибывшая стража находит Корво с окровавленным клинком над телом правительницы. Его арестовывают, пытают и приговаривают к публичной казни.
1511 год. Стареющий Эцио Аудиторе прибывает в Масиаф, бывшую цитадель ассасинов, чтобы найти легендарную библиотеку Альтаира ибн Ла-Ахада. Крепость оказывается занята тамплиерами. Завладев дневником Никколо Поло, Эцио узнает, что дверь в библиотеку запечатана: для доступа требуются пять ключей, спрятанных в Константинополе.
Начало 1500 года. Эцио Аудиторе возвращается в родовое поместье Монтериджони после победы над Родриго Борджиа. Он привозит с собой Яблоко Эдема — могущественный артефакт Первой цивилизации. Однако передышка оказывается недолгой. На рассвете виллу штурмуют войска Чезаре Борджиа, сына Родриго. В ходе осады Монтериджони разрушен. Чезаре лично убивает дядю Марио и забирает Яблоко. Эцио получает огнестрельное ранение, но успевает вывести выживших родственников из города.