Флоренция, 1476 год. Эцио Аудиторе, сын влиятельного флорентийского сановника, живет беззаботной жизнью молодого патриция. Все меняется, когда его отца и двух братьев арестовывают по ложному обвинению в государственной измене. Следуя инструкциям отца, Эцио находит тайник с доспехами и документами, доказывающими существование заговора против властей города. Однако союзник семьи, которому Эцио передает улики, оказывается предателем.
Бармена Дезмонда Майлса похищает биотехнологическая корпорация «Абстерго». Его подключают к «Анимусу» — устройству, считывающему генетическую память предков. Дезмонду предстоит пережить воспоминания Альтаира ибн-Ла'Ахада, ассасина XII века, действовавшего во времена Третьего крестового похода.
Чикаго, 2012 год. Хакер Эйден Пирс вместе с напарником взламывает сеть фешенебельного отеля «Мерло», чтобы похитить данные банковских счетов постояльцев. Операция срывается: в системе присутствует кто-то еще, и хакеров вычисляют. Спустя два месяца неизвестные организуют покушение на Эйдена. Во время поездки киллер пробивает колесо его машины, провоцируя аварию. Пирс выживает, но его шестилетняя племянница Лена погибает.